来日した外国人が日本国内での勤務に基づいて得る給与所得は、原則、国内源泉所得として所得税課税の対象となります。日本の「非居住者」に該当する従業員であっても、日本において行なった勤務に基因する部分については所得税が課され、源泉徴収されます。

ただし、非居住者が居住する国でも所得税が生じ二重課税の状態となるため、日本との間で租税条約を締結している国の居住者が日本で短期間の勤務を行なう場合は、一定の要件（下記記載）を満たすことにより、原則的に日本での課税が免除される「短期滞在者免税」の措置が置かれています。

【短期滞在者免税の適用要件】（例：日米租税条約14②）

1. 当該課税年度において開始または終了するいずれの12カ月の期間においても他方の国に滞在する期間が合計183日を超えないこと
2. 報酬が他方の国の居住者でない雇用者またはこれに代わる者から支払われるものであること
3. 報酬が他方の国に存在する雇用者の恒久的施設によって負担されるものでないこと

新型コロナウイルス感染症の影響で、海外赴任中だった非居住者の日本人が日本に一時的に帰国している場合があります。日本人の入国制限措置をとっている国もあり、赴任先に戻れず日本での勤務が長期化し、要件1の日本での滞在期間が183日を超える場合、「短期滞在者免税」の適用が受けられなくなります。

現時点では、コロナ禍でのやむを得ない滞在期間についても、183日の滞在日数に含まれることになり、同期間を滞在日数から除外するといった特別な対応は公表されていないため注意が必要です。